PCR實(shí)驗室并沒(méi)有嚴格的凈化要求，但是為避免各個(gè)實(shí)驗區域間交叉污染的可能性，宜采用全送全排的氣流組織形式。同時(shí)，要嚴格控制送、排風(fēng)的比例以保證各實(shí)驗區的壓力要求。

1、試劑貯存和準備區 該實(shí)驗區主要進(jìn)行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應混合液的制備。試劑和用于標本制作的材料應直接運送至該區，不得經(jīng)過(guò)其他區域。試劑原材料必須貯存在本區內，并在本區內制備成所需的貯存試劑。 對與氣流壓力的控制，本區并沒(méi)有嚴格的要求。

2、標本制備區 該區域主要進(jìn)行的操作為臨床標本的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴增反應管和測定RNA時(shí)cDNA的合成。本區的壓力梯度要求為：相對于鄰近區域為正壓，以避免從鄰近區進(jìn)入本區的氣溶膠污染。另外，由于在加樣操作中可能會(huì )發(fā)生氣溶膠所致的污染，所以應避免在本區內不必要的走動(dòng)。

3、擴增反應混合物配制和擴增區 該區域主要進(jìn)行的操作為DNA或cDNA擴增。此外，已制備的DNA模板和合成的cDNA(來(lái)自樣本制備區)的加入和主反應混合液(來(lái)自試劑貯存和制備區)制備成反應混合液等也可在本區內進(jìn)行。在巢式PCR測定中，通常在擴增后必須打開(kāi)反應管，因此巢式擴增有較高的污染危險性，第二次加樣必須在本區內進(jìn)行。 本區的壓力梯度要求為：相對于鄰近區域為負壓，以避免氣溶膠從本區漏出。為避免氣溶膠所致的污染，應盡量減少在本區內的不必要的走動(dòng)。個(gè)別操作如加樣等應在超凈臺內進(jìn)行。

4、擴增產(chǎn)物分析區該區域主要進(jìn)行的操作為擴增片段的測定。如使用全自動(dòng)封閉分析儀器檢測，此區域可不設。本區是主要的擴增產(chǎn)物污染來(lái)源，因此對本區的壓力梯度的要求為：相對于鄰近區域為負壓，以避免擴增產(chǎn)物從本區擴散至其它區域。